合肥微尺度物质科学国家实验室自2003年正式筹建以来，以国家战略需求和交叉学科前沿研究为中心，坚持科学研究自身不断拓展及深化的内部需求动力和来自经济社会发展的外部需求动力的“双力驱动”，努力推动纳米科技、信息科技、生物科技、认知科学的会聚和集成创新，积极探索在高校中建设国家实验室的途径与模式。通过不断调整和创新相适应的体制，整合和组建具有创新意识的研究团队，促进学科间的交叉融合，实验室的自主创新能力和科技竞争能力均获得了显著的提高和加强。
　　今年10月，科技部将合肥微尺度物质科学国家实验室列为“量子调控研究”国家科技重大研究计划的两个委托研究基地之一，负责组织实施量子计算的物理实现、量子通信、分子尺度的量子行为和调控等研究项目。同时，实验室积极组织队伍参与“蛋白质研究”和“纳米研究”两个重大研究计划的项目竞争，其中“蛋白质修饰、转运和氧化还原的结构生物学基础”和“纳米药物载体增强药物导向性及效应的研究”两项项目获得科技部的批准。这些项目将获得国家连续5年的支持，头两年已获批复的支持研究经费为3734万。这是国家实验室在实施国家战略、承担国家任务方面的优势和竞争力的集中体现，充分说明国家实验室已经成为承担国家重大研究任务的生力军。
　　最近，国家实验室生物大分子结构与功能研究部和中国科大生命科学学院牵头的“973计划”项目“蛋白质机器及分子机制”，以及其余3项“863”项目也获科技部批准立项启动。此外，国家实验室还在中国科学院三期“创新工程”的相关研究领域中承担了9项重要方向性研究项目的任务，获得的研究经费超过3000万元。
　　三年来，国家实验室已在单分子科学、量子信息、纳米科技与蛋白质科学等前沿交叉学科领域取得了一批具有国际影响的研究成果，获得了一批国家和省部级的奖项。实验室的创新研究成果已连续三次入选中国十大科技进展，两次入选国际物理学研究进展，两项成果被选参展2005年度全国科技大会。