课题组是合肥微尺度物质科学国家研究中心的基本研究单元，由责任研究员（PI）负责组建课题组，责任研究员由国家研究中心主任聘任。研究部的设立是为了促进学科之间的交叉、融合，便于学术交流。微尺度国家研究中心鼓励、引导研究组之间的合作研究和集中攻关，承担国家重大任务。各研究部主任由国家研究中心主任聘任。

　　根据学科发展、国际前沿的重点研究方向及实验室的具体情况，合肥微尺度物质科学国家研究中心现设十一个研究部，即：光与冷原子物理研究部、单分子物理与化学研究部、低维物理与化学研究部、纳米材料与化学研究部、纳米催化与能量转化研究部、分子与细胞生物物理研究部、神经环路与脑认知研究部、分子医学研究部、Bio-X交叉科学研究部、理论与计算科学研究部、尖端测量仪器研究部。

　　合肥微尺度物质科学国家研究中心重视并适当安排少量超前的、非共识的研究方向和研究课题，单独以课题组的形式存在，并通过合理的考核评价，确定是否继续支持发展。