合肥微尺度物质科学国家研究中心学术委员会由微尺度交叉科学领域国际知名专家组成，实行聘期制，每届五年。学术委员会在履行基本职能的同时，结合领域国际发展态势，对中心开辟新领域方向提供战略性咨询，并为中心开展国际学术交流提供帮助，扩大中心的国际学术影响力，组织和推动中心的国际学术评估，促进中心与国际相关机构的交流与合作。

　　合肥微尺度物质科学国家研究中心理事会由微尺度交叉科学领域国际知名科学家及中国科学院、科技部、教育部、中国科学技术大学、地方政府等相关部门的代表组成，实行聘期制，每届五年。

　　合肥微尺度物质科学国家研究中心设十一个研究部、一个包含了理化、生物、极端条件和微纳加工的公共技术平台和一个交叉型高端研究平台。研究部根据科学研究需要，动态设立若干课题组，课题组是研究中心的基本研究单元，由责任研究员（PI）负责组建课题组。公共技术平台为研究部门提供全面的技术支撑，面向社会开放共享。交叉型高端研究平台为中心的主要研究方向，提供先进科学工具。