科技部基础研究司周文能和科技部高技术研究发展中心张军在《2004科学发展报告》中对2003年我国基础研究工作进行了回顾，指出一年来我国基础研究在“三个代表”重要思想的指引下，加强宏观管理和指导，稳步推进科技管理和体制的改革，强化基础研究工作的原始性创新环境建设和制度建设，继续实施各类项目、基地和人才计划，并取得了一批重要的成果。
为进一步增强我国的科技持续创新能力，正确引导科技工作健康发展，2003年5月，科技部会同教育部、中国科学院、中国工程院和国家自然科学基金委共同起草并发布了《关于改进科学技术评价工作的决定》。为了切实有效地贯彻落实《决定》的精神，完善科学技术评价体系，9月，科技部又发布了《科学技术评价办法》（试行）。两个文件的发布在科技界引起了巨大反响。
科技部修订和完善了《国家重点基础研究发展规划项目管理暂行办法》，对“国家重点基础研究发展规划”项目率先实行了课题制试点，逐步建立起一套科学和规范的项目组织管理体系，实现了项目管理模式和经费资助模式的有机结合。
科技部制定了《国家重点实验室发展规划》，修订了《国家重点实验室评估规则》，确立了国家重点实验室今后改革和发展的思路，调整和完善现有国家重点实验室的学科布局；科技部启动了国家实验室试点工作，批准筹建北京凝聚态物理国家实验室、合肥微尺度物质科学国家实验室、武汉光电国家实验室、清华信息科学与技术国家实验室、北京分子科学等5个国家实验室，并制定了《科技部关于国家实验室试点工作的若干意见》、《国家实验室总体要求》等配套的规范文件。
教育部发布了《高等学校重点实验室建设与管理暂行办法》，进一步加强和规范了高等学校重点实验室的管理和建设；教育部通过211二期工程的实施，加强了部属重点实验室的管理和建设。2003年，新增了20个部属重点实验室，并对化学领域的7个实验室进行了评估，进一步改善了高校科研环境。
2003年我国基础研究产出成果喜人。据中国科技信息研究所的论文统计信息，按SCI、EI和ISTP三种检索工具统计，我国科技人员2002年发表的国际论文（含期刊和会议论文）77395篇，比2001年增加12869篇，增长率为19.8%；按照国际论文数量排序，我国继1999年超过俄罗斯后，又超过意大利、加拿大和法国，居世界第5位。主要反映基础研究状况的SCI所收录的我国论文为40758篇，比2001年增加5073篇，增长14.2％，按论文数排序，我国上升至世界第6位。我国国际论文的被引用数由2001年的18358篇增加到2002年的24154篇，被引用次数由38827次增加到51766次，分别增长31.6％和33.3％。
总之，2003年是我国基础研究全面发展的一年，总体态势良好，管理更加协调与规范，环境更加宽松，人才队伍结构更加合理，成果质量不断提高，但与社会、经济和科技发展需求相比还有较大的差距，在诸多方面仍存在一些急需解决的问题。首先，基础研究经费占R＆D的比例偏低，经费投入渠道相对单一，仍然是制约我国基础研究快速发展的重要因素；第二，管理水平还需进一步提高，管理措施还需进一步完善，管理方法尚需与国际接轨；第三，基础研究原始性、创新性的重大成果偏少，基础研究原创性能力和水平还有待进一步提高；第四，缺乏相应的创新环境和激励机制，评价体系亟待改进，科学道德建设还需加强等。
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