朱清时在发言中，全面阐述了中科大“985工程”的建设理念，介绍了“985工程”一期建设中的经验，汇报了高科技平台建设项目“微尺度物质科学国家实验室(筹)”建设规划的总体思路。他说，自然界是一个整体，人为地把它分成许多学科，造成每门学科的能力都有限。就像一把筷子难折，单只筷子易断一样。“交叉综合”可以找回许多丢失的东西。但是，不加选择的综合可能形成一个简单堆积起来的“大口袋”，使资源不能集中，不能形成拳头。“综合集成”是有选择的综合交叉，是把各个学科的知识进行最优化的组装，具有无穷的可能性和无限的潜能。基于这种认识，中科大在“985工程”规划中，从“系统集成”的高度来凝练综合交叉的科学目标。在“985工程”一期建设中，学校集中使用不多的增量资源中的一小部分，对优势学科——物理化学、凝聚态物理、无机材料和光学等进行系统集成，开拓出了单分子科学和量子通信两个新兴的前沿学科，一举达到国际一流。
朱清时在谈到中科大“985工程”一期建设的经验时说，如果把增量资源用于学校原有的优势学科，对它们“锦上添花”或“火上加油”，就有可能造就一批学校的一流学科；如果把增量资源用于建设齐全的学科门类，就会把大量资源投入学校的弱项，结果将使学校大而全，但整体水平难以提高。他认为，国家的教育生态系统需要多种多样的高校，每个学校都有特长，大家优势互补。
对中科大高科技平台建设项目“微尺度物质科学国家实验室(筹)”规划的总体思路以及管理运行机制问题，朱清时说，“合肥微尺度物质科学国家实验室”的发展定位是综合性的交叉科学研究中心，也是先进的大型仪器测试服务和技术保障平台。在学科方面，它将首先包含学校的纳米材料与化学、单分子物理与化学、量子信息和生物大分子结构与功能等四个现有优势交叉研究领域，使它们得到更为稳定的支持，以利进一步发展。在条件成熟之后，再对它们进行系统集成，把纳米科技(Nano)，生物技术(Bio，包括生物制药及基因工程)，信息技术(Info，包括先进计算机与通信)和认知科学(Cong，包括认知神经科学)集成起来，产生一些新学科和新技术，成为学校新的一流学科。在管理方面，实验室将坚持开放式、国际化和竞争机制，一步到位地建立国际上成功的一流机制。
与会领导和专家对中国科技大学“985工程”一期建设取得的成绩以及形成的发展理念一致给予肯定，并对中科大“985工程”高科技平台建设项目“微尺度物质科学国家实验室(筹)”的定位、目标以及运行机制探索给予高度评价。有关领导表示将科大“985工程”一期建设成果及二期建设理念将作为典型案例向国家科教领导小组汇报。
据悉，目前，教育部“关于继续实施“985工程”建设项目的意见”、“关于“985工程”科技创新平台建设的若干意见”、“关于“985工程”哲学社会科学创新基地建设的若干意见”等重要文件的讨论稿正在征求意见，整个工程将于近期启动。
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