合肥微尺度物质科学国家研究中心建设运行管理委员会，负责协调微尺度国家研究中心建设运行发展的有关重大事项，审议微尺度国家研究中心的年度任务和经费预算，组织对微尺度国家研究中心及主任进行绩效考核和监督。

　　合肥微尺度物质科学国家研究中心学术委员会由微尺度物质科学领域国际知名专家组成，实行聘期制，每届五年。学术委员会在履行基本职能的同时，结合领域国际发展态势，对合肥微尺度物质科学国家研究中心开辟新领域方向提供战略性咨询，并为微尺度国家研究中心开展国际学术交流提供帮助，扩大微尺度国家研究中心的国际学术影响力，组织和推动中心的国际学术评估，促进中心与国际相关机构的交流与合作。

　　合肥微尺度物质科学国家研究中心主任委员会由中心主任、副主任、各研究部和公共技术平台负责人构成，负责规范、加强中心公共事务管理和制定各种相关规章制度并监督落实情况。中心日常的运行管理由中心主任委员会负责。

　　合肥微尺度物质科学国家研究中心设十一个研究部、一个包含了理化、生物、极端条件和微纳加工的公共技术平台和一个交叉型高端研究平台。研究部根据科学研究需要，动态设立若干课题组，课题组是研究中心的基本研究单元，由责任研究员（PI）负责组建课题组。公共技术平台为研究部门提供全面的技术支撑，面向社会开放共享。交叉型高端研究平台为中心的主要研究方向，提供先进科学工具。